Investigação genética para doenças do neurodesenvolvimento e epilepsia

Atraso do desenvolvimento neuropsicomotor, deficiência intelectual e transtorno do espectro autista são exemplos de um grande e heterogêneo grupo de alterações do neurodesenvolvimento (DND). Esse grupo de doenças, assim como a epilepsia, tem etiologia multifatorial e causa importante prejuízo na qualidade de vida de crianças e seus familiares. 

Considerando que uma parcela significativa desses pacientes apresenta doença genética subjacente e que o diagnóstico molecular pode alterar a conduta, como a indicação de drogas específicas, mais eficazes para a condição daquele indivíduo, é essencial incluir esse tipo de investigação. 

As alterações genéticas podem variar desde variantes estruturais grandes, como rearranjos cromossômicos e variações do número de cópias (copy number variations – CNVs), até mutações menores, como pequenas inserções e deleções (indels) e variantes de um único nucleotídeo (single nucleotide variants – SNVs). O exame genético mais adequado para cada caso dependerá da suspeita diagnóstica e do tipo de variante que se espera identificar. 

Nesse sentido, o microarray cromossômico (chromosomal microarray – CMA) tem sido uma das principais ferramentas para as DND e síndromes epilépticas, identificando variantes causais em até 15–20% mais casos do que o cariótipo com banda G. No entanto, esse método não detecta pequenas mutações, como o sequenciamento completo de exoma (sequenciamento apenas da porção codificante do DNA) e o genoma completo (sequenciamento de todo o DNA, incluindo porções codificantes e não codificantes). 

O último consenso publicado sobre o assunto, em 2019, estabeleceu o sequenciamento de exoma completo como estratégia de primeira escolha para a investigação genética desses pacientes. Diante da grande quantidade de estudos disponíveis sobre o tema e da diversidade de diagnósticos e testes, torna-se relevante uma revisão sistemática com meta-análise, realizada por pesquisadores de Taiwan e publicada recentemente na revista Systematic Reviews. 

Metodologia 

A pesquisa seguiu as diretrizes Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis (PRISMA) e considerou artigos publicados no PubMed, Embase e Cochrane até 31 de agosto de 2024, que continham termos relacionados às doenças em questão e aos testes genéticos de interesse. 

Foram incluídos apenas estudos com pelo menos 10 probandos com doenças do neurodesenvolvimento ou epilepsia submetidos a qualquer uma das seguintes estratégias: CMA, painel genético, sequenciamento de exoma completo ou genoma completo. 

Dois pesquisadores do grupo revisaram os dados referentes ao número total de probandos e de testes positivos, sendo considerados positivos aqueles em que foi identificada variante classificada como patogênica, provavelmente patogênica ou variante de significado incerto (VUS), conforme critérios do Colégio Americano de Genética Médica, desde que houvesse forte correlação com o fenótipo. 

Os autores também realizaram análises em diversos subgrupos, considerando diferentes doenças e diferentes graus de gravidade. 

Resultados e Discussão 

Após toda a avaliação, foram incluídos 416 estudos com 124.937 participantes, sendo 249 sobre DND e 167 sobre síndromes epilépticas. Considerando a taxa de diagnóstico agregada entre os diferentes testes, esta foi significativamente maior para as técnicas de sequenciamento genético (painéis genéticos, exoma ou genoma) em comparação ao CMA. As taxas de diagnóstico de cada metodologia para DND e epilepsia foram, respectivamente: exoma – 35,3% e 34,2%; painéis genéticos – 23,2% e 24,0%; e genoma – 30,5% e 39,1%. Os autores também identificaram que reanálises foram capazes de fornecer diagnóstico em cerca de 10,6% dos casos. 

A taxa de diagnóstico foi maior em pacientes com DND associada a dismorfismos (54,7%), em contextos sindrômicos (37,6%) e na presença concomitante de epilepsia (35,6%). No que se refere ao diagnóstico genético de epilepsias, aquelas de início precoce (< 2 anos), as encefalopatias epilépticas e as epilepsias fármaco-resistentes apresentaram maior frequência de diagnósticos genéticos, respectivamente: 32,9%, 34,7% e 25,4%. 

Os autores destacam a maior chance de diagnóstico por meio de estratégias de sequenciamento de nova geração em comparação ao microarray cromossômico. Também reforçam a importância da fenotipagem adequada do paciente, já que algumas características (como dismorfismos) aumentam a probabilidade de um diagnóstico genético. 

É essencial ressaltar a relevância do detalhamento das informações clínicas no momento da solicitação do exame, pois isso auxilia na análise das variantes e proporciona resultados mais assertivos. Outro ponto a ser considerado é a reanálise de exames anteriores (exoma e genoma), sobretudo diante de novas informações clínicas, de ferramentas atualizadas de predição de variantes ou à luz de evidências recentes que ampliam o conhecimento sobre genes e doenças antes não descritos. 

Como principal limitação do estudo, os autores descrevem a alta heterogeneidade entre os trabalhos incluídos, relacionada às diferentes estratégias de seleção dos pacientes, aos pipelines utilizados para análise e ao grande número de estudos com amostras relativamente pequenas (< 200 pacientes). 

Conclusões 

Os autores ratificam as evidências para considerar o exoma e o genoma completo como estratégias de referência na investigação genética desse grupo de pacientes, salientando a tendência de consolidação do sequenciamento de genoma completo à medida que os bancos de dados e as ferramentas de bioinformática evoluem.